CURTOALERT

L’objectif du projet est de déterminer le statut phytosanitaine de la bactérie Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens en Belgique.

Cette bactérie favorisée par le réchauffement climatique a été reclassifiée bactérie de quarantaine absente de l’Union Européenne. Elle doit maintenant être absente de cultures légumières riches en protéines dont l’expansion est souhaitée en Wallonie : haricot (hôte majeur), soja, pois, pois-chiche, fèves, féverole, lupin… (hôtes mineurs). Elle a parfois été trouvée dans l’UE, dont récemment sur soja à l’ILVO. Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli (Organisme Réglementé Non de Quarantaine) et Pseudomonas syringae seront aussi investigués.

Méthodologie

Des contacts et visites chez des firmes semencières, des centres de recherche/pilotes, et des producteurs fournissent les graines et plantes analysées. Les isolats positifs sont caractérisés.

Une information des acteurs de terrains (semenciers, centres pilotes) vise une prise de connaissance du problème, et à donner les moyens à mettre en œuvre pour fournir des graines répondants aux exigences de la nouvelle réglementation. 

Résultats 

Nos travaux ont montré que des tests PCR utilisés depuis plus de 20 ans pour identifier Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens (Cff) détectent en fait des séquences trouvées dans trois plasmides qui contiennent des gènes de virulence spécifiques au pathovar flaccumfaciens. Cela confirme ce qui a été découvert pour Curtobacterium flaccumfaciens pv. poinsettiae sur poinsettia, c’est à dire que des plasmides spécifiques sont responsables de la pathogénicité et du transfert de la pathogénicité à des souches hétérogènes dans l’espèce Curtobacterium flaccumfaciens. Cela souligne aussi le danger que représenterait l’introduction d’une souche de Cff porteuse d’un plasmide de pathogénicité dans l’UE car des souches de Curtobacterium flaccumfaciens indigènes non pathogènes pourraient devenir des Cff suite à l’acquisition du plasmide de pathogénicité par transfert horizontal. 

En trois années d’étude en Wallonie, plus de 3000 isolats de Curtobacterium provenant de 441 échantillons de légumineuses ont été analysés, dont 175 échantillons de haricot. En raison du nombre limité d'essais et de la rareté des symptômes sur les haricots et légumineuses en Wallonie, 319 de ces échantillons étaient des échantillons de semences. Les variétés commerciales ont été ciblées et des semences destinées au marché du jardinage ont été achetées et testées. La possibilité d’analyser des variétés de haricots industriels cultivées en Wallonie a constitué une avancée majeure ; elle a permis de mettre en évidence deux échantillons positifs parmi 14 testés. L’un de ces échantillons provenait des États-Unis. L’autre échantillon provenait de France, et aucune autre information sur son origine n’était disponible. Ces résultats ayant été obtenus après la récolte, sans qu’aucun problème n’ait été observé dans les champs, cela suggère une faible incidence de Cff en Wallonie.

Des tests préventifs portant sur 32 sélections de Vilmorin, à la demande directe de l’entreprise, et une sélection de Seminis ont été réalisés avant les prochains semis. Tous ces échantillons se sont révélés négatifs.

Une brève enquête a été réalisée sur les pratiques de culture des haricots industriels en Wallonie. L’analyse des passeports phytosanitaires des variétés de haricots industriels provenant d’un agriculteur sur plusieurs années indique que les États-Unis ont constitué une source régulière de semences. Le Cff y est présent et aucune détection spécifique du Cff n’était effectuée auparavant en Wallonie.

Sur la base des analyses des échantillons positifs reçus de l’ILVO et des deux échantillons positifs détectés en Wallonie, le CRA-W a conclu que l’analyse directe des lavages de semences par PCR en temps réel ou par PCR classique est fiable, à condition d’utiliser une ADN polymérase adaptée dans le cadre de la PCR classique. Cependant, les résultats positifs tardifs peuvent être difficiles à interpréter en PCR en temps réel.

Bien que l’étude soit prolongée jusqu’en 2027, on peut déjà conclure ce qui suit :

• Cff est présent en Wallonie. Il a probablement été régulièrement introduit en Wallonie au fil des ans sans avoir d’impact sur la culture des haricots industriels. Ceci est basé sur la conjonction des observations de deux détections de Cff dans un ensemble limité de variétés de haricots industriels semées en Wallonie au cours d’une même année, sur le lien possible avec les États-Unis où Cff est présent, sur la pratique de longue date en Wallonie consistant à utiliser des semences de haricots industriels provenant des États-Unis, et sur l’absence de symptômes dans les champs industriels qui auraient permis de détecter une introduction.
• L'augmentation de la culture des légumineuses ne semble pas entraîner de risque accru lié au Cff pour les haricots en Wallonie. Le Cff n'a jamais été détecté dans aucune culture autre que les haricots en Wallonie au cours des trois dernières années, malgré l'analyse de 266 échantillons provenant d'autres cultures de légumineuses.

Partenariat

ILVO

Financement

Projet SPF