Mise en place d’outils de diagnostic portables des pathogènes (champignons et Phytophthora) forestiers
Contexte
L’accroissement des échanges commerciaux intercontinentaux augmente la probabilité d’introduction en Europe de pathogènes exotiques. D’autre part, les changements climatiques ont un effet sur l’équilibre entre l’arbre et les micro-organismes qui y sont associés, conduisant certains pathogènes indigènes dits « de faiblesse » ou secondaires à devenir des pathogènes préoccupants. L’émergence de nouveaux pathogènes ou la résurgence de pathogènes connus constitue une menace sérieuse pour la santé des forêts.
La détection de ces organismes pathogènes est essentielle pour la surveillance, mais aussi pour le contrôle des maladies qu’ils causent aux essences forestières. Le recours à des méthodes de diagnostic non spécifiques et à large spectre s’avère nécessaire lorsqu’on ne soupçonne pas a priori un organisme donné ou que plusieurs organismes sont impliqués (cas de dépérissements).
Objectifs généraux
Le projet a pour objectif d’évaluer différentes méthodes non spécifiques et à large spectre en se concentrant sur:
- L’évaluation de méthodes de séquençage haut débit pour la détection de champignons et Phytophthora pathogènes forestiers en utilisant le hêtre comme arbre modèle.
- L’évaluation de la composition des communautés fongiques du bois et de l’écorce par isolement sur milieu de culture en utilisant l’érable sycomore comme arbre modèle.
- La validation de test de détection « sur site » basés sur l’écoulement latéral en présence d’anticorps (« Immunological Lateral Flow Device » ou ILFD) pour la détection de Phytophthora par les agents forestiers
Résultats
Travaux réalisés et perspectives
Le projet a débuté en 2024 sous le nom Bioag-For-Wal avant de devenir Biofor en 2025-2026.
En 2024, le projet visait à déterminer si des Phytophthora étaient impliqués dans le dépérissement du hêtre en Ardenne. Pour cela, une méthode de détection à large spectre, basée sur la technologie de séquençage à haut débit Illumina, a été appliquée à des échantillons de racines de hêtre prélevés dans 21 peuplements. L’analyse des contrôles expérimentaux a montré que la méthode était efficace. En revanche, aucun Phytophthora n’a été détecté dans les échantillons analysés. Cette absence de détection a été confirmée par des tests de PCR quantitative (qPCR) ciblant les Phytophthora.
En 2025, la méthode Illumina a été appliquée aux mêmes échantillons de racines, cette fois pour caractériser les communautés fongiques. Plus de 200 espèces ont été détectées, principalement des champignons saprotrophes et ectomycorhiziens. Les résultats n’ont toutefois pas permis d’identifier de communauté fongique spécifiquement associée au niveau de dépérissement du hêtre.
En parallèle, des travaux ont été menés pour caractériser les communautés fongiques associées aux rameaux d’érable sycomore, par isolement sur milieu de culture. L’application de la méthode optimisée à des rameaux prélevés sur quatre sites présentant des conditions environnementales contrastées a permis d’obtenir un premier aperçu des communautés de champignons endophytes de cette essence.
En 2026, afin de tenir compte des difficultés rencontrées avec la méthode Illumina en 2025, une méthode de séquençage à haut débit reposant sur la technologie MinION de Nanopore a été développée et est en cours de validation. Elle sera appliquée à plusieurs jeux de données déjà analysés avec la technologie Illumina afin de comparer les résultats obtenus par les deux méthodes.
Par ailleurs, deux tests rapides de détection des Phytophthora, fondés sur des réactions antigène-anticorps, seront comparés. L’objectif est de sélectionner le test le plus performant pour proposer aux forestiers un outil de dépistage des Phytophthora en forêt.
Financement
Service public de Wallonie, Département de l’Etude du Milieu Naturel et Environnement.
