Les techniques actuelles ne permettent de mettre en évidence qu’un nombre limité d’espèces animales ou végétales dans des matrices agroalimentaires. Bon nombre de méthodes font défaut et il n’est pas possible d’avoir une vision globale des différents ingrédients qui constituent un produit agro-alimentaire. Ce projet propose d’utiliser les techniques de séquençage à haut débit afin d’avoir une information la plus complète possible sur les différentes espèces animales et végétales qui peuvent entrer dans la composition d’une matrice agro-alimentaire. Ceci permettra de faire un pas en avant dans l’authentification des produits, la détection des fraudes et la présence éventuelle de contaminants. Les méthodes développées visent principalement les espèces animales (mammifères, espèces aviaires, poissons) et végétales (plantes comestibles, pollens, contaminants végétaux) susceptibles de se retrouver dans l’alimentation. Deux approches sont envisagées, la première se base sur une approche métagénomique visant soit des cibles à haut nombre de copies, soit des cibles à faible nombre de copie. La seconde approche utilise une technologie d’enrichissement pour orienter le séquençage vers les zones d’intérêt.
